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Qui gère les fonds européens en France ? Comprendre le rôle de la Commission européenne, de l’État et des Régions

Mis à jour le 30 juillet 2026

4 min

Sommaire
  • La Commission européenne : le pilote stratégique
  • L’État : un rôle d’encadrement et de coordination
  • Les Régions : des acteurs clés au plus près des territoires
  • La complexité de cette organisation

Les financements européens constituent un levier majeur pour les collectivités, les entreprises et les acteurs publics. Pourtant, leur gouvernance reste souvent méconnue et mal comprise. Entre la Commission européenne, l’État et les Régions, les responsabilités sont partagées selon la logique de la gestion multi-niveaux. L’acteur gestionnaire n’est en effet pas le même selon le fonds européen, du fait des différents modes de gestion qui existent.

Les financements européens reposent sur trois grands modes de gestion : la gestion directe, assurée par la Commission européenne ou ses agences ; la gestion partagée, mise en œuvre conjointement avec les États membres ; et, plus marginalement, la gestion indirecte, confiée à des organismes partenaires tels que la Banque européenne d’investissement ou certaines agences nationales.

La Commission européenne : le pilote stratégique

La Commission européenne occupe une place centrale dans l’architecture des financements européens. Elle intervient en amont en définissant les orientations stratégiques et le cadre réglementaire des différents programmes.

La Commission européenne assure aussi la bonne mise en œuvre du budget européen et du suivi global des programmes. Même si elle ne supervise pas tous les projets directement, elle contrôle leur implémentation, valide les dépenses et est en mesure d’intervenir en cas de dysfonctionnement.

Dans certains cas, notamment pour les programmes sectoriels (ou d’actions communautaires) tels qu’Erasmus+, Horizon Europe, Europe Créative ou encore LIFE, c’est la Commission qui assure une gestion directe. Elle va lancer les appels à projets, sélectionner les porteurs de projets et suivre les projets. Il n’y a donc pas d’intermédiaire dans la gestion des programmes sectoriels. Pour les Fonds européens structurels et d’investissement (FESI), l’approche est différente.

L’État : un rôle d’encadrement et de coordination

Dans le cadre de la politique de cohésion, la gestion des fonds européens repose majoritairement sur un principe de gestion partagée. Cela implique que la Commission délègue une grande partie de sa mise en œuvre aux Etats membres de l’UE.

En France, l’Etat possède un rôle déterminant, où il va notamment intervenir pour :

  • Négocier avec la Commission les grandes orientations des programmes
  • Définir le cadre national de mise en œuvre
  • Assurer la cohérence globale des politiques financées.

Par ailleurs, l’État demeure autorité de gestion ou organisme intermédiaire pour certaines enveloppes relevant de l’emploi, de l’inclusion sociale, de l’immigration ou encore de certains dispositifs sectoriels. En France, le FSE+ fait l’objet d’une gouvernance mixte. L’État, via le programme national FSE+, gère notamment les politiques d’emploi et d’inclusion, tandis que les Régions disposent également d’enveloppes dédiées pour certaines actions relevant de leurs compétences.

Au-delà de la programmation, l’État est également impliqué dans les fonctions de contrôle, de certification et d’audit, garantissant que les dépenses soient conformes aux règles européennes. L’État a donc la responsabilité de s’assurer du respect du cadre réglementaire et de la bonne utilisation des fonds européens sur son territoire.

Les Régions : des acteurs clés au plus près des territoires

Depuis la loi de modernisation de l’action publique territoriale et d’affirmation des métropoles du 27 janvier 2014, dite MAPTAM, les Régions sont devenues des acteurs centraux de la gestion des fonds européens en France. Elles sont désormais autorités de gestion des programmes régionaux, ce qui, jusqu’à cette réforme, n’avait été le cas que de l’Alsace, qui était autorité de gestion des fonds européens à titre expérimental depuis la programmation 2000-2006.

Concrètement, cela signifie que les Régions sont responsables de :

  • La mise en œuvre des programmes sur leur territoire
  • La publication des appels à projets
  • La sélection des dossiers
  • Le suivi des opérations financées.

L’objectif de cette décentralisation est de rendre les financements européens plus proches des réalités territoriales, cela en accord avec le principe de subsidiarité de l’Union européenne. De cette façon, les Régions peuvent ainsi adapter les priorités européennes à leurs besoins spécifiques et à leurs exigences (développement économique, transition énergétique, innovation, …).

Le FEDER constitue aujourd’hui le principal fonds européen géré par les Régions, qui en assurent la programmation, la sélection des projets et le suivi.

De plus, selon les régions et les dispositifs concernés, elles interviennent également dans la gestion d’une partie des crédits du FEADER, dédiés au développement rural.

Ce rôle d’autorité de gestion des fonds européens place les Régions en tant que principal interlocuteur pour les collectivités et les porteurs de projets.

La complexité de cette organisation

La gouvernance des fonds européens repose donc sur une articulation entre ces trois niveaux d’acteurs. Par exemple, dans le cas de la gestion partagée, la Commission européenne définit les règles et contrôle l’ensemble, l’État assure la coordination et garantit la conformité, et les Régions mettent en œuvre les programmes sur le terrain.

Cette gestion partagée concerne environ deux tiers du budget européen, en particulier les fonds structurels, repose sur le principe du partenariat où les différents niveaux doivent travailler ensemble tout au long du cycle de vie des programmes, de la programmation à l’évaluation.

Si cette gouvernance multiniveau permet d’adapter les financements aux réalités nationales et territoriales, elle peut également rendre l’écosystème des fonds européens complexe pour les porteurs de projets. En ce sens, grâce à son expertise de plus de 20 ans, YTES peut vous accompagner dans l’identification du bon interlocuteur, afin de mieux structurer votre démarche.

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